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1、根茎的贮藏保鲜：在入秋后植株的茎叶枯黄，可将根茎从泥中挖出。然后把它们按照不同品种归类、分组后进行贮藏。需要注意的是，睡莲是水生植物。因此操作要迅速，不要使根茎失水，否则新芽会受到伤害。可将已处理好的根茎置于相对湿度为95%至100%、温度为4℃至6℃的环境中保存。通常在上述条件下睡莲根茎可贮藏110天至120 天。
2、切花的贮藏保鲜：当花蕾充分透色时采收，操作最好在上午气温较低时进行。采后切花先暂放在无日光直射之处，尽快预冷处理，采收后还要进行分级。将相同等级、品种的睡莲带梗花朵每20支用1个塑料袋进行包装，然后分别码入标有品名、具透气孔衬膜的瓦楞纸箱中。置于相对湿度为90%至95%、温度5℃至6℃的环境中贮藏，通常能存放一两天。运输时，睡莲仅可短期干藏，开箱后需马上将其插入水中。
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